Родилась в деревне Дудкино Московской губернии, в семье крестьянина. В 1921 году родители переехали на Алтай, в 1925 году – в село Верх-Чумыш, еще через три года - в Киселево, а в 1930 году - в рабочий поселок Прокопьевск. Отец спустился в шахту добывать уголь, мать занималась детьми. Окончив среднюю школу № 2, Мария поступила в Томский медицинский институт. Училась на факультете лечебного дела, который окончила в июле 1942 года в разгар Великой Отечественной войны.

13 августа 1942 года Мария Макаркина была призвана Томским горвоенкоматом в ряды Красной Армии. Служила младшим врачом 24-го автомобильного полка 17-й армии Забайкальского военного округа, который дислоцировался в Монголии. Боевое крещение приняла на Кавказе.

На фронт мобилизован в июне 1941 года. В первые дни войны в Новосибирске был создан 486-й " Кузбасский" гаубично-артиллерийский полк, состоявший из добровольцев сибирского края. В составе этого полка Яков Филиппович провел сражения за Москву, участвовал в Курской битве, освобождении Белоруссии, Западной Украины и Польши.