Родилась в деревне Дудкино Московской губернии, в семье крестьянина. В 1921 году родители переехали на Алтай, в 1925 году – в село Верх-Чумыш, еще через три года - в Киселево, а в 1930 году - в рабочий поселок Прокопьевск. Отец спустился в шахту добывать уголь, мать занималась детьми. Окончив среднюю школу № 2, Мария поступила в Томский медицинский институт. Училась на факультете лечебного дела, который окончила в июле 1942 года в разгар Великой Отечественной войны.

13 августа 1942 года Мария Макаркина была призвана Томским горвоенкоматом в ряды Красной Армии. Служила младшим врачом 24-го автомобильного полка 17-й армии Забайкальского военного округа, который дислоцировался в Монголии. Боевое крещение приняла на Кавказе.

В июле 1943 года Мария Макаркина попросила направить ее начальником подвижного партизанского госпиталя соединения Таранушенко. Маша тщательно готовилась к заброске в немецкий тыл: изучала топографические карты, тренировалась прыгать с парашютом, запасалась многочисленными медикаментами. Партизанское соединение Н. М. Таранушенко действовало в районе Днепра и Припяти на территориях Черниговской, Киевской областей Украины и Белорусского Полесья.

Прибыв в отряд, вместо 500 партизан Мария Федоровна увидела около 5000 человек. Это были дети, старики, женщины с домашним скарбом, говорившие на разных языках. Они ушли из населенных пунктов под защиту соединения.

23-летний начальник госпиталя Мария Макаркина и супруга командира соединения Екатерина Таранушенко, врач-стоматолог, лечили раненых и больных, вели профилактику инфекционных заболеваний, обучали сестринскому делу добровольцев из гражданского населения. Партизанский госпиталь размещался на четырех повозках: одна была для имущества, другая – для амбулаторного приема, остальные – для перевозки раненых и больных. Чистой воды не хватало. Несмотря на то, что Днепр был рядом, подойти к нему не было никакой возможности – берег простреливался фашистами. Воду брали из ручьев, болот, сливали ее в бочки и дезинфицировали. Особенно тяжело приходилось врачам во время длительных переходов, в боях с фашистами. На привалах врачи не отдыхали, оперировали прямо в конных повозках.

В октябре 1943 года партизанский отряд перешел линию фронта и соединился с частями Красной Армии в Харькове. Марии Федоровне был предоставлен отпуск с явкой в Прокопьевский военкомат. В связи с катастрофической нехваткой врачей в городе М. Макаркину уволили в запас и направили в распоряжение Прокопьевского городского отдела здравоохранения, где она получила назначение судебно-медицинским экспертом городской (Белой) больницы. В 1946 году вступила в ряды КПСС.

С 1949 по 1955 годы по распоряжению ЦК КПСС и Совета Министров СССР Александр Константинович Деревнин, супруг Марии Федоровны, был направлен в Германию для восстановления разрушенных шахт. Вместе с супругом уехала и Мария Федоровна, работала начальником медико-санитарной части.

По окончании командировки Мария Федоровна вернулась в Прокопьевск, и ее назначили на пост главного врача городской больницы № 1, а затем заведующего городским отделом здравоохранения. С 1965 года она возглавляла объединенную городскую прозектуру, которая обслуживала все больницы города Прокопьевска и Прокопьевского района. Усилиями Макаркиной развилась и окрепла городская патологоанатомическая служба. В прозектуре внедрялись новые формы и методы работы. Она стала методическим центром учебных кадров. В несколько раз расширилось исследование биопсийно-операционного материала, открыта цитологическая лаборатория, упорядочен статистический учет. С 1976 по 1989 гг. (до выхода на заслуженный отдых) работала врачом-патологоанатомом Центральной городской больницы, имея высшую квалификационную категорию.

Отличаясь глубоким знанием организации здравоохранения, большим трудолюбием, высокой дисциплинированностью, обладая талантом организатора, исключительной работоспособностью, принципиальностью, Мария Федоровна решала задачи по снижению заболеваемости рабочих промышленных предприятий, снижению инфекционной заболеваемости и детской смертности, укреплению материальной базы здравоохранения города.

Избиралась депутатом Кемеровского областного и Прокопьевского городского советов.

За участие в Великой Отечественной войне М. Ф. Макаркина награждена медалями «Партизану Отечественной войны», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг».

За долголетний плодотворный труд в мирное время Марии Федоровне присвоены звания: «Заслуженный врач РСФСР», «Персональный пенсионер Республиканского значения».