Прокопьевский городской краеведческий  музей был создан 14 августа 1961 года на базе межшкольного музея краеведения, действовавшего с 1953 года в школе № 1, а с 1956 года – во Дворце пионеров. Основателем и первым директором музея был заслуженный учитель школы РСФСР Михаил Георгиевич Елькин (1913–1987гг.).

За 26 лет существования Общества «Юный историк», созданного М.Г. Елькиным, юные краеведы провели 24 археологические экспедиции, в которых приняли участие 1127 учащихся, совершили 5 крупных научных открытий. Кроме того были проведены несколько палеонтологических экспедиций, 4 экспедиции на территорию Томского железоделательного завода и походы по местам партизанских боев периода гражданской войны. С 1964 года музей занимает 1-й этаж жилого дома по проспекту Шахтёров, 63.

Оформлением первой экспозиции музея в 1960-е годы занимался прокопьевский художник Г.В. Стаценко. Действующая ныне экспозиция открылась для посетителей в 1989 году. Автором генерального проекта стал выпускник Иркутского художественного училища М.В. Перепечин. Фотодизайн выполнен выпускником ВГИКа, лауреатом международных фотоконкурсов О. И. Дериглазовым. 

В рамках подготовки к празднованию 70-летия Кемеровской области в 2012 году открыт зал «Космос», уникальным экспонатом которого является подлинный космический спускаемый аппарат с ложементами для трех космонавтов. А в день рождения области 26 января 2013 года представлены новые современные экспозиции зала «Становление города Прокопьевска».

Оформление экспозиций новых залов выполнили художники: Е.Н. Бабкин, член Союза художников России Кемеровское отделение, лауреат премии Кузбасса; П.Д. Веремеев, член Союза художников России Кемеровское отделение; В.Я. Атучин, лауреат премии Кузбасса; О.Б. Иноземцев; А.П. Веремеев.

Материалы музея и статьи научных сотрудников публикуются в городской прессе и в популярных краеведческих альманахах «Разыскания», журнале «Уголь Кузбасса», в сборниках тематических межвузовских конференций.

Сотрудники музея принимают постоянное участие в музейных конкурсах.

• В 2007 году Прокопьевский городской краеведческий музей стал лауреатом конкурса «Музей года».
• В 2008 году - удостоен диплома победителя областного конкурса «Лучшее музейное учреждение» в номинации «Проект года».
• В 2010 году музей стал победителем конкурса «Воины шахтеры и угледобытчики в Великой Победе», объявленного Департаментом культуры и национальной политики Кемеровской области, Департаментом угольной промышленности и энергетики Кемеровской области и Фондом «Шахтерская память» имени В.П. Романова.
• В 2014 году музей награжден сертификатом на 100 тысяч рублей за участие в проекте "Золотое кольцо Кузбасса".