Родился в селе Черкезель Республики Крым.

В 1940 году призван в ряды Красной Армии. Служить довелось в Кронштадте. Именно там Джафер Мустафаев узнал о вероломном нападении Германии. Бойцов спешно направили на оборону Ленинграда.

В июне 1941 года рядовой Мустафаев в должности стрелка воевал в 1-м отдельном особом разведывательном батальоне в составе 23-й армии Ленинградского фронта. Армия прикрывала северо-западные подступы к Ленинграду и обороняла западное побережье Ладожского озера.

15 декабря 1941 года Джафер попал в плен к фашистам, где находился до 15 сентября 1944 года.

После освобождения из плена его направили работать в Сибирь на шахты. Так, Джафер Мустафаев оказался в Прокопьевске. Поступил работать на шахту № 9 им Л. М. Кагановича (позже – шахту им. Ф. Э. Дзержинского) машинистом электровоза, где проработал до 1977 года. Общий трудовой стаж составил 40 лет.

Джафер Ибраимович награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», рядом юбилейных наград. За трудовые заслуги удостоен званий «Почетный шахтер» и «Ветеран труда».