На конец 2014 года фонды музея насчитывают более 20000 единиц. В музее собраны предметы этнографии, археологии, палеонтологии, естественнонаучной коллекции, нумизматики, оружие, техника, подлинные предметы, связанные с освоением космоса, личные вещи, документы и фотографии участников Великой Отечественной войны, фарфоровые изделия, произведения живописи и графики, редкие книги, документы и фотографии.
Комплектование музейного фонда осуществляется в соответствии с научной концепцией отбора предметов по краеведению Прокопьевска, Прокопьевского района и Кузбасса, быту жителей региона, истории промышленных предприятий, о знаменательных исторических событиях и т. д.
Основу коллекции «Живопись» составляют картины, выполненные маслом, гуашью, акварелью местными профессиональными и самодеятельными художниками. Среди них работы художников В. Н. Ковякина, М. В. Перепечина, Г. В. Стаценко, В. И. Самошкина, В. В. Морозова, О. Д. Комарова, Н. Елесиной. Самые распространённые сюжеты – пейзаж, виды Прокопьевска, производственная тематика, портрет.
В состав коллекции «Графика» входят линогравюры художников А. С. Холодова, О. Д. Комарова, М. В. Перепечина, Г. В. Стаценко, а также плакатная графика.
Коллекция «Скульптура» представлена 4 предметами. В коллекцию входят бюсты известных земляков – первого стахановца Кузбасса, кавалера Ордена Ленина И. А. Борисова, советского геолога и палеонтолога В. Я. Яворского, деятеля революционного и партизанского движения П. Ф. Сухова, и скульптура Михайлы Волкова – первооткрывателя кузнецких углей.
Собрание «Предметы быта, этнографии, декоративно-прикладного искусства» включает в себя историко-бытовые предметы различной тематики и состоит из нескольких коллекций: «Этнография», «Быт», «ДПИ».
Этнографическая коллекция представлена предметами, характерными для таких этносов как шорцы, телеуты, русские.
Шорская коллекция включает предметы быта и традиционного языческого культа шорцев, одного из коренных народов Кузнецкого края, орудия труда и охоты, домашнюю утварь, подлинный бубен шамана начала ХХ в.
Телеутская коллекция представлена предметами традиционной женской одежды телеутов (платье «кунек», шуба «телен», пальто «сырмал» и пр.) и украшениями (праздничный нагрудник «тоштёк», пояс «кур», серьги, подвески).
Русская этнографическая коллекция состоит из крестьянских бытовых предметов (ткацкий станок, рубели, утюги, вальки, чугунки, самовары, прялки, веретена, ухваты, чесалки, ручная мельница, маслобойка и др.), сельскохозяйственных орудий (вилы, грабли, элементы упряжи, плуг и др.), образцов национальной одежды (рубашки женские, сорочки), предметов рукоделия (полотенца, рушники, скатерти, кружева и т. д.)
Коллекция изделий декоративно-прикладного искусства включает в себя разнообразные изделия из бересты, выполненные прокопьевскими мастерами.
Коллекция «Быт» входит как составная часть в коллекцию «Прочее» и включает в себя, в основном, предметы быта советского периода – мебель, кухонная утварь, посуда, фарфор, стекло, текстиль и т.д.
В состав коллекции «Нумизматика» музея входят серебряные монеты XVIII-XIX вв., награды участников Великой Отечественной войны, трудовые награды и знаки, ведомственные и областные награды, значки.
Особый интерес представляет набор медалей «Прокопьевск – жемчужина Кузбасса» и серебряная медаль имени Н. М. Пржевальского «За путешествия».
Многочисленная коллекция значков состоит из общегосударственных и ведомственных знаков, а также значков, посвященных событиям из жизни города.
Коллекция «Археология» охватывает периоды присутствия человека на Кузнецкой земле от эпохи камня до железного века.
Археологические материалы эпохи палеолита и неолита представлены артефактами Кузедеевской и Дегтяревской стоянок, предметами Андроновской и Ирменской культур.
Эпоха бронзы представлена предметами тагарской культуры. Об эпохе железа свидетельствуют материалы, полученные в результате раскопок курганной группы Ур-Бедари. Представлены предметы вооружения тюркского воина IX – XI вв.
Коллекция «Редкая книга» насчитывает 39 единиц хранения. Среди них богослужебные старопечатные книги конца XIX – начала XX в. Из книг светского содержания можно выделить издание в 2-х томах «Историческая физика» 1908 г., иллюстрированный журнал литературы «Нива» 1901 г., книга «От шахты до океана» - о Почетном гражданине Прокопьевска контр-адмирале Бабушкине А. С., написанная его дочерью, книги, изданные до 1939 г., а также изданные малыми тиражами.
В немногочисленную коллекцию «Оружие» входят образцы холодного и огнестрельного оружия. Огнестрельное оружие не может быть использовано по основному назначению в результате специальной пробивки.
Музейное собрание «Документы» включает в себя несколько коллекций «Документы», «Фотографии», «Фонодокументы».
Коллекция «Документы» представлена документами биографического характера, а также документами, содержащими историческую информацию о многих субъектах города.
Многочисленные мемориальные фонды включают в себя документы деятелей советского периода истории. Среди них большую часть занимают фонды ученых В. И. Яворского и Н. А. Чинакала.
О репрессиях 1930-1950-х гг. в городе свидетельствуют мемориальные фонды семей Гауса, Сыч-Сычука, Гусева, Волынского.
Боевой и трудовой подвиг прокопчан в годы Великой Отечественной войны отражен в большом фонде ветеранов ВОв, в том числе Героев Советского Союза.
Тематическая коллекция фонда включает в себя архивные материалы о дивизиях, формировавшихся из прокопчан, документы и фотографии бойцов, которые сражались в составе этих формирований на фронтах Великой Отечественной войны.
Трудовые заслуги города в военные годы отражены в материалах о знаменитых прокопьевских шахтерах, Героях Социалистического Труда, женщинах, заменивших мужчин в шахтах, медицинских работниках, самоотверженно работавших в эвакогоспиталях.
Большой интерес представляет уникальная коллекция документов и фотографий Прокопьевского аэроклуба, кропотливо собранных вдовой инструктора Негриева В. С.
О бурном промышленном развитии Прокопьевска рассказывают обширные материалы по истории предприятий города. К ним относятся предприятия добывающей промышленности, завод «Электромашина», Прокопьевский завод шахтной автоматики, швейная фабрика «Горнячка», фарфоровый завод.
Коллекция «Фотография» представлена бытовыми, производственными, пейзажными снимками, а также фотопортретами горожан. В фотофонде хранится подборка фотоснимков деятелей партии, комсомола, коллективов промышленных предприятий, различных учреждений города.
Коллекция «Фонодокументы» включает патефонные пластинки и виниловые диски советского периода.
Естественно–научная коллекция представлена материалами по живой и неживой природе.
Палеонтологическая часть коллекции состоит из костей и зубов мамонта, шерстистого носорога, бизона, исполинского оленя. Кости этих животных были найдены на территории нашего города во время разработки полезных ископаемых. Имеются образцы с отпечатками фауны, в том числе трилобитов, брахиопод, кораллов.
Палеоботаническая часть состоит из набора окаменевших стволов деревьев, отпечатков папоротников, плауновидных.
Зоологическая коллекция представлена чучелами птиц и зверей, коллекцией насекомых.
В геологической коллекции представлены образцы минералов России, полезных ископаемых Кузбасса и углей Прокопьевского района.
Коллекция «Предметы истории техники» включает в себя различные виды часов (настенные, настольные, карманные часы XX в.), фотоаппаратов и фототехники советского производства, звуковоспроизводящей аппаратуры (патефоны, радиолы, электрофоны, приёмники и др.), кинопроекторов, швейных машин, шахтерских светильников, отбойных молотков и др.
Коллекция «Предметы печатной продукции» содержит энциклопедии, словари и справочные издания, методическую литературу, художественную и специализированную литературу с автографами авторов, а также буклеты, календари, открытки, марки.
Ряд музейных коллекций входит в общее собрание под названием «Прочее». Сюда включены музейные коллекции: «Быт», «Изделия Прокопьевского фарфорового завода», «Одежда», «Иконы», «Сувениры» и др.
Активно формируется музейная коллекция «Изделия Прокопьевского фарфорового завода», как уникального единственного предприятия такого рода в Западной Сибири.
Коллекция «Одежда» достаточно обширна. В нее входят мундиры и костюмы Почетных шахтеров города, кители контр-адмирала А. С. Бабушкина и летчика-космонавта дважды Героя Советского Союза Б. В. Волынова и др.
В коллекции «Иконы» присутствуют живописные иконы, иконы, выполненные на бересте, а также бронзовые иконы в технике металлопластики и др.
Коллекция «Сувениры» состоит из предметов, полученных от различных делегаций в связи со знаменательными датами города и промышленных предприятий, а также сувениров, свидетельствующих о широких интернациональных связях Прокопьевска.
Также в коллекцию «Прочее» входит собрание поддужных колокольчиков середины XIX в.